Como en todo procedimiento hay un cierto nivel de riesgo, en las Técnicas de Reproducción Asistida hay riesgos con una frecuencia  muy baja por ejemplo en la aspiración de óvulos puede haber hemorragia e infección de 1 en mil procedimientos.

En la hiperestimulación controlada puede darse el Sindrome de Hiperestimulación en un porcentaje muy bajo y con las técnicas de criopreservación esta complicación practicamente es nula.